- وفي عام 2013م وتلبية لاحتياجات طلبة الداخل الفلسطيني جاء قرار تعيين مجلس إدارة متخصص بهم، حيث تولي الجامعة ممثلة برئيس مجلس أمنائها د. نبيل الجعبري– حفظه الله-  هذا البرنامج اهتماماً خاصاً، ومن خلال هذا البرنامج تم افتتاح تخصص "أصول الدين فرعي لغة عربية".

ثانيا: الدراسات العليا

 - وبعد مرور تسعة وعشرين عاماً على تأسيس الكلية، وبعد تخرج أعداد كبيرة منها اشتدت الحاجة إلى وجود دراسات عُليا، وبخاصة في مجال القضاء الشرعي، فتم فتح هذا التخصص الذي يمنح درجة الماجستير في القضاء الشرعي، وذلك لإرفاد المحاكم الشرعية بقضاة مؤهلين، وبافتتاح هذا التخصص أصبحت كلية الشريعة المؤسسة التعليمية الوحيدة في فلسطين التي تقدم هذا التخصص، فكما كانت رائدة التعليم الشرعي في فلسطين صارت أيضاً رائدة في مجال الدراسات العليا في القضاء الشرعي.

- وفي عام 2010م حصلت الكلية على اعتماد ماجستير أصول الدين كأول برنامج على مستوى الوطن يمنح الماجستير بشعبه الثلاث: التفسير والحديث والعقيدة.

- وفي عام 2017م توجت الكلية مسيرتها الأكاديمية ووصلت إلى أوجها بعد افتتاح برنامج الدكتوراه في الفقه وأصوله بمشاركة جامعتي القدس والنجاح، حيث بلغ عدد الدفعة الأولى ( 15طالبا وطالبة) على مستوى الوطن.