تعود بدايات البرنامج الأكاديمي المكثف (تعليم طلبة الداخل الفلسطيني) إلى العام الجامعي 1998/1999، حيث التحق ثلاثة وخمسون طالباً بالجامعة وأتمّوا دراستهم فيها وحصلوا على شهادة البكالوريوس في الشريعة الإسلامية. وتستوجب الدراسة أن تكون مكثفة نظراً إلى إن المحاضرات تعقد لهذا البرنامج يومي الجمعة والسبت فقط.

في العام 2007 قبلت الجامعة الدفعة الأولى من طلبة البرنامج المكثف في قسم اللغة العربية، وابتداءً من عام 2009 تزايد إقبال الطلبة على الإلتحاق بهذا البرنامج.