تبلورت فكرة إنشاء جامعة في مدينة الخليل في أذهان مجموعة من أبنائها الواعين برئاسة المغفور له بإذن الله سماحة الشيخ محمد علي الجعبري رئيس بلدية الخليل في ذلك الوقت، بعد وقوع بقية فلسطين في قبضة الاحتلال الإسرائيلي عام 1967م. كان الشعب الفلسطيني في ذلك الوقت في حالة صدمة وهو يرى فلسطين وقد احتلت بأكملها، وبدأ الشباب الفلسطيني يعاني الامرين من إجراءات الاحتلال التي كانت تضيق على فرص التحاق الطلبة الفلسطينيين بالجامعات خارج فلسطين في ظل عدم وجود أية مؤسسة فلسطينية للتعليم العالي داخل فلسطين في ذلك الوقت، لذا جاء انشاء الجامعة في العام 1971م كأول مؤسسة للتعليم العالي في فلسطين من أجل حل هذه المعضلة والتصدي للإجراءات الاحتلالية، واتاحة الفرصة للطلبة الفلسطينيين وخاصة الإناث منهم متابعة تحصيلهم الدراسي.

بدأت الجامعة مسيرتها بتأسيس كلية الشريعة الإسلامية لتكون أول مؤسسة علمية للتعليم الجامعي في فلسطين في سنة 1971م، والتي انتظم فيها ثلاثة وأربعون طالباً وطالبة من مختلف أرجاء فلسطين. ومنذ ذلك الحين والجامعة في حالة تطور وتوسع حيث تضم حاليا عشر كليات إضافة لكلية الدراسات العليا، وهذه الكليات هي: الشريعة، والآداب، والتمويل والادارة، والزراعة، والعلوم والتكنولوجيا، والحقوق والعلوم السياسية، والتمريض، وتكنولوجيا المعلومات، والتربية، والصيدلة والعلوم الطبية. كما و تمنح الجامعة درجة الدبلوم من خلال كلية المهن والعلوم التطبيقية.

تقدم الجامعة 77 برنامجا أكاديميا منها 4 برامج دبلوم متوسط ( سنتان)، و 60 برنامجا للبكالوريوس، وبرنامج دبلوم عالي و12 برنامجا للماجستير، وبرنامجين للدكتوراة. إضافة الى 11 برنامجا مهنيا في الدبلوم المهني المتخصص تقدم من خلال دائرة التعليم المستمر والتنمية المجتمعية.