بدأت الدراسات العليا في جامعة الخليل في العام الأكاديمي 1998-1997 عندما طرحت كلية الآداب برنامج ماجستير اللغة العربية وآدابها ، ثم طرحت كلية الشريعة في الجامعة في العام التالي 99/98 برنامج ماجستير القضاء الشرعي وهو البرنامج الوحيد في القضاء الشرعي على مستوى الوطن.
وتقديراً لأهمية الدراسات العليا فقد أنشأت جامعة الخليل عمادة الدراسات العليا في العام الأكاديمي 2002/2001 . وكان الهدف ولا زال لهذه العمادة هو الإشراف على برامج الدراسات العليا والتنسيق بين لجانها لحسن سير العملية الأكاديمية والإشراف أيضاً على مشاريع البحث العلمي في الجامعة.
ونتيجة للتعاون والعمل المشترك بين عمادة الدراسات العليا وكليات الجامعة فقد تم طرح مجموعة من برامج الماجستير المختلفة على النحو الآتي:
- - برنامج الوقاية النباتية 2002
- - برنامج الموارد الطبيعية وإدارتها المستدامة 2002
- - برنامج إدارة الأعمال MBA / 2004
- - برنامج اللغويات التطبيقية وأساليب تدريس اللغة الإنجليزية 2007
- - برنامج التاريخ 2007
- - برنامج أصول الدين 2010
وقد بلغ عدد برامج الماجستير في الجامعة ثمانية برامج يمكن أن تمنح في حالات خاصة درجة الدبلوم العالي.
لقد سجل في هذه البرامج 206 طالب وطالبة خلال العام الأكاديمي 2010/2009 وحصل 148 طالب وطالبة حتى نهاية نفس العام على درجة الماجستير خلال هذه البرامج.
تشرف عمادة الدراسات العليا أيضاً على إدارة وتنفيذ جميع مشاريع البحث العلمي في الجامعة . ويوجد في الوقت الحاضر (18) مشروعاً في مجالات الزراعة والبيئة والعلوم والتمريض والتربية وغير ذلك.
تأمل عمادة الدراسات العليا ومن خلال تعاونها مع كليات الجامعة وعلى الخصوص كلية العلوم والتكنولوجيا وكلية التربية طرح برامج ماجستير جديدة في تخصصات العلوم والتربية وغيرها وذلك لحاجة طلبة العلم في محافظة الخليل لهذه البرامج.